Equipe Interactions Plantes-Champignons et Remédiation (IPCR)

Activités de recherche

De façon spécifique, les thématiques abordées au sein de l’équipe IPCR mobilisent des approches complémentaires de biochimie et d’écologie microbienne. Elles concernent également l’étude de champignons biotrophes obligatoires et celle du métabolisme lipidique dans le cadre d’interactions plante-champignon.

Exploration et exploitation de la biodiversité de champignons telluriques saprotrophes dans le cadre de la biodégradation des polluants organiques persistants (POP) :

Nos recherches concernent l’exploitation de la biodiversité de champignons telluriques saprotrophes dans le cadre de la biodégradation des polluants organiques persistants (POP : HAP, dioxines). La compréhension des voies métaboliques fongiques impliquées dans leur dégradation (enzymes, transport et incorporation, dégradation), l’utilisation de polysaccharides naturels (amidons modifiés) comme agents de solubilisation des POP et le développement des méthodes innovantes couplant oxydation chimique (Fenton, etc.) et oxydation biologique sont en cours de développement.

Utilisation des mycorhizes dans la phytoremédiation des sols pollués et dans la protection des plantes. Etude de l’écotoxicité de divers polluants (HAP, dioxines, éléments traces métalliques et fongicides) :

Les potentialités de la symbiose mycorhizienne en termes de phytoremédiation (biodégradation, bioaccumulation, …) et de protection des plantes contre le stress induit par divers polluants ou agents phytopathogènes sont étudiées, de l’échelle du laboratoire à celle du terrain (stress oxydant, génotoxicité, métabolisme lipidique). L’élucidation des mécanismes impliqués fait appel à des approches à la fois cytologiques, biochimiques et moléculaires.

Etude de stratégies de lutte plus durables contre les champignons parasites du blé ; induction de résistance :

Deux approches visant à diminuer l’utilisation des fongicides sur le blé sont menées : caractérisation de populations de septoriose et recherche de molécules inductrices de résistances (Stimulateurs de Défense des Plantes, SDP) contre Blumeria graminis f.sp. tritici (oïdium) et Mycosphaerella graminicola(septoriose). Les activités biologiques et les effets éliciteur et  potentialisateur de ces SDP, ainsi que celles de champignons endomycorhiziens, sont évalués aux niveaux cytologique, biochimique et moléculaire par leur impact principalement sur le métabolisme des lipides et celui des formes réactives de l’oxygène.

Membres de l’équipe

BOURDON-FACON Natacha

TECH

FONTAINE Joël    

MCF-HDR

GRANDMOUGIN-FERJANI Anne

PR

LARUELLE Frédéric

IR

LOUNES-HADJ SAHRAOUI  Anissa

PR

MAGNIN-ROBERT Maryline

MCF

RAFIN Catherine

MCF-HDR

RANDOUX Béatrice

MCF

REIGNAULT Philippe          

PR 

TISSERANT Benoît

IR

VEIGNIE Etienne

MCF

Collaborations scientifiques

 Régionales :

  • BioGAP, Institut Charles Viollette – ISA de Lille
  • ProBIOGEM, Institut Charles Viollette –Université de Lille
  • Laboratoire  Génie  Civil  et  géoEnvironnement, Université de Lille

Nationales :

  •  Unité de Recherche Vigne et Vin de Champagne, URCA à Reims
  • UMR Agroécologie, INRA de Dijon
  • Arvalis-Institut du Végétal

 Internationales :

  •  Laboratoire d’Amélioration Génétique des Plantes, Université d’Annaba (Algérie)
  • Université des Sciences et de la Technologie Houari Boumédiène (USTHB, Algérie)
  • Université de Djelfa
  • Helmholtz Zentrum München – German Research Centre for Environmental Health, Institute of Soil Ecology, Allemagne
  • Laboratory of Phytopathology, Université de Gand (Belgique)
  • Unité de Chimie Biologique Industrielle, Université de Liège (Gembloux Agro Bio Tech) (Belgique)
  • Laboratoire de Mycologie, Université de Louvain-la-Neuve (Belgique)
  • Agriculture et Agroalimentaire (Canada)
  • Institute for Biological Sciences (Canada)
  • Université de Wisconsin-Madison (USA)
  • Crop & Soil Systems Research Group, Scottish Agricultural College (Grande-Bretagne)
  • Faculté d’Agronomie, Université Saint-Esprit de Kaslik, université Libanaise (Liban)
  • Université Vasile Alecsandri de Bacau, Roumanie
  • Laboratoire de Génétique et Amélioration des Plantes, INAT de Tunis, Centre National de la Recherche en Agriculture Oasienne (Tunisie)
  • Centre National de la Recherche en Agriculture Oasienne (Tunisie)

Thèses en cours

Prénom Nom

Période

Titre

Alice Fourquez2015-2018Solutions innovantes pour la santé du blé  associant applications de biostimulants et de Stimulateurs de Défense  des Plantes (SDP)
Robin Raveau2017-2020La production d’huiles essentielles : une filière éco-innovante de reconversion des sols historiquement pollués
Nour Raouani2017-2020Nouvelles molécules biosourcées et champignons mycorhiziens arbusculaires pour le biocontrôle des agents phytopathogènes du blé
Arnaud Grignet2017-2020Etude des performances de phytoextraction du Zn et du Cd de l’hyperaccumulateur Arabidopsis halleri en co-culture avec le saule
Amandine Ducousso2018-2021Influence de l’interaction plantes-microbes-champignons mycorhiziens sur la dissolution biologique des phosphates

Contrats de Recherche

Projets Internationaux

  • 2016-2019 :Projet INTERREG V France-Flandres-Wallonie « Portefeuille de projets : SMARTBIOCONTROL.
    • Projet BIOSCREEN : Nouvelle molécules biosourcées et multifonctionnelles pour le contrôle des agents phytopathogènes des cultures de la région transfrontalière..
    • Projet BIOPROTECT : La protection biologique dans la pratique : optimisation de l’efficacité dans le champ de (nouvelles) pesticides biologiques.
  • ARIMNET – Coordination of Agricultural Research in the Mediterranean Area
    2016-2019 : BACPLANTS – Towards a sustainable agriculture by increasing plant tolerance to biotic stress under climatic change.
  • 2018-2020 : CAPES-COFECUB research progam BIOSTIMALG ULCO/Federal University of Santa Catarina (UFSC Florianόpolis).

Projets Nationaux

  • 2017-2021 : Projet ADEME PHYTEO : La production d’huiles essentielles : une filière éco-innovante de reconversion des sols historiquement pollués.
  • 2017-2020 :  Projet ADEME Extra-Zn  : Production de biomasses enrichies en Zn par phytoextraction pour l’écocatalyse. INERIS/ULCO.

Projets Régionaux

  • 2016-2020 : Projet CPER  « ALIBIOTECH Agro-alimentaire et Biotechnologie ».
    WP 1. Caractérisation de l’interaction de la plante avec son environnement.
    WP 2. Activités biologiques de biomolécules et métabolites secondaires issues de plantes et/ou de micro-organismes.
  • 2019-2020 : Projet A2U : ULCO/UPJV. L’interaction tripartite comme moyen de lutte alternative contre l’oïdium et la septoriose du blé, TRIPLET.

Publications récentes

  • H. Meglouli, A. Lounès-Hadj Sahraoui, M. Magnin-Robert, B. Tisserant, M. Hijri, J. Fontaine (2018), Arbuscular mycorrhizal inoculum sources influence bacterial, archaeal, and fungal communities’ structures of historically dioxin/furan-contaminated soil but not the pollutant dissipation rate. Mycorrhiza, 28, 635-650. (https://doi.org/10.1007/s00572-018-0852-x).
  • I. El-Alam, A. Verdin, J. Fontaine, N. Bourdon, S. Fourmentin, R. Chahine, H. Makhlouf, A. Lounès-Hadj Sahraoui (2018), Antioxidant and anti-inflammatory activities of essential oils. Journal of Pharmaceutical Biology, 8(2), 12-16. (https://doi.org/10.3109/13880200903527728).
  • I. El-Alam, A. Verdin, J. Fontaine, R. Chahine, H. Makhlouf, A. Lounès-Hadj Sahraoui (2018),  Ecotoxicity evaluation and human risk assessment of an agricultural polluted soil. Environmental Monitoring and Assessment, 190:738. (https://doi.org/10.1007/s10661-018-7077-5).
  • M.E. Ors, B. Randoux, S. Selim, A. Siah, G. Couleaud, G. Maumené, K. Sahmer, P. Halama, PH. Reignault (2018), Cultivar-dependent resistance and associated defense mechanisms in wheat against Zymoseptoria tritici, Plant Pathol., 67,561-572. (https://doi.org/10.1111/ppa.12760).
  • I. Delsarte, C. Rafin, F. Mrad, E. Veignie (2018), Lipid metabolism and benzo[a]pyrene degradation by Fusarium solani : an unexplored potential, Environ. Sci. Pollut. Res., 25, 12177-12182. (https://doi.org/10.1016/j.tim.2005.01.007).
  • A. Siah, M. Bomble, B. Tisserant, T. Cadalen, M. Holvoet, J.-L. Hilbert, P. Halama, PH. Reignault (2018), Genetic structure of Zymoseptoria tritici in northern France at region, field, plant and leaf layer scales , Phytopathology, 108(9), 1114-1123. (doi: 10.1094/PHYTO-09-17-0322-R).
  • S. Mejri, A. Siah, C-M Abuhaie, P Halama, M Magnin-Robert, B Randoux, PH. Reignault, B. Rigo, A Ghionet (2018), New salicylic acid and pyroglutamic acid conjugated derivatives confer protection to bread wheat against Zymoseptoria tritici. J Sci. Food Agric. (doi.org/10.1002/jsfa.9370).
  • S. Labidi, S. Firmin, A. Verdin, G. Bidar, F. Laruelle, F. Douay, P. Shirali, J. Fontaine, A. Lounès Hadj Sahraoui (2017), Nature of fly ash amendments differently influences oxidative stress alleviation in four forest tree species and metal trace element phytostabilization in aged contaminated soil: A long-term field experiment. Ecotoxicology and Environmental Safety. 138 : 190 – 198. (http://dx.doi.org/10.1016/j.ecoenv.2016.12.027)
  • G. Mustafa, N.G. Khong, B. Tisserant, B. Randoux, J. Fontaine, M. Magnin-Robert, PH. Reignault, A. Lounès-Hadj Sahraoui (2017), Defense mechanisms associated with mycorrhiza-induced resistance in wheat against 1 powdery mildew. Funct. Plant Biol., 44 (4), 443-454. (https://doi.org/10.1071/FP16206).
  • I. Lenoir, J. Fontaine, B. Tisserant, F. Laruelle, A. lounes-Hadj Sahroui. (2017), Beneficial contribution of the arbuscular mycorrhizal fungus, Rhizophagus irregularis, in the protection of Medicago truncatula roots against benzo[a]pyrene toxicity. Mycorrhiza, 27, 465-476. (DOI 10.1007/s00572-017-0764-1)
  • L. Somai-Jemmali, B. Randoux, A. Siah, M. Magnin-Robert, P. Halama, PH. Reignault, W. Hamada (2017), Similar infection process and induced defense patterns during compatible interactions between Zymoseptoria tritici and both bread and durum wheat species, Eur. J. Plant Pathol., 147, 787-801. ( DOI 10.1007/s10658-016-1043-2).
  • P. Cheval, A. Siah, M. Bomble, A.D. Popper, PH. Reignault, P. Halama (2017), Evolution of QoI resistance of the wheat pathogen Zymoseptoria tritici in Northern France, Crop Prot., 92, 131-133. (http://dx.doi.org/10.1016/j.cropro.2016.10.017)
  • A.-M. Rosu, C.G. Grigoras, C. Rafin, E. Veignie (2017), A green chemical approach of corn starch modification for innovative solutions in adsorption of polycyclic aromatic hydrocarbons. Scientific Study & Research – Chemistry & Chemical Engineering, 18, 97-100.
  • L. Somai-Jemmali, A. Siah, P. Halama, K. Harbaoui, S. Fargaoui, B. Randoux, M. Magnin-Robert, PH. Reignault, W. Hamada (2017), Correlation of fungal penetration, CWDE activities and defense-related genes with resistance of durum wheat cultivars to Zymoseptoria tritici. Physiol. Mol. Plant Pathol., 100, 117-125. (http://dx.doi.org/10.1016/j.pmpp.2017.08.003)
  • S. Mejri, A. Siah, F. Coutte, M. Magnin-Robert, B. Randoux, B. Tisserant, F. Krier, P. Jacques, PH. Reignault, P. Halama (online 2017), Biocontrol of the wheat pathogen Zymoseptoria tritici using cyclic lipopeptides from Bacillus subtilis. Environ. Sci. Pollut., 2018, vol 25, Issue 30, 29822-29833. (doi: 10.1007/s11356-017-9241-9)