Equipe Interactions Plantes-Champignons et Remédiation (IPCR)

Activités de recherche

Les activités de recherche de l’équipe IPCR s’articulent autour de deux volets, qui s’appuient sur ses compétences en mycologie, notamment sur les interactions plantes/champignons aussi bien symbiotiques que phytopathogènes et sur des approches de physiologie, de cytologie, de biochimie,  de biologie moléculaire et d’écologie microbienne.

1 – Biocontrôle des maladies fongiques foliaires du blé

Cette thématique de recherche vise à développer de nouvelles stratégies de biocontrôle et de lutte durable contre les champignons parasites du blé, par l’utilisation de Stimulateurs de Défense des Plantes (SDPs) et/ou de microorganismes bénéfiques bactériens (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria) ou fongiques (Plant Growth-Promoting Fungi) comme les champignons mycorhiziens à arbuscules et/ou de biostimulants en protection des plantes. Nos études portent sur deux pathosystèmes en particulier, blé/Blumeria graminis f.sp. tritici (agent de l’oïdium) et blé/Zymoseptoria tritici (agent de la septoriose). L’étude des réactions de défense chez le blé et l’optimisation de l’efficacité protectrice des SDPs en réponse à divers facteurs environnementaux pouvant influencer la mise en place d’une telle protection (génotype du blé, statut nutritionnel de la plante, microbiote du sol, changements climatiques,…) constituent les principaux objectifs de nos travaux.

2- Phytomanagement et Bioremédiation de sols contaminés.

Cette thématique de recherche vise à développer des méthodes alternatives, douces et durables, de remédiation et de gestion des sols contaminés.

Dans le cas du phytomanagement, la faisabilité, l’efficacité et la pérennité des principales phytotechnologies (phytostabilisation, phyto/rhizodégradation et phytoextraction) sont à l’étude de l’échelle du laboratoire dans des conditions contrôlées à celle des sites ateliers in situ (démonstrateurs).
il s’agit (1) d’étudier les performances de différentes espèces végétales et des amendements, notamment biologiques à base de champignons mycorhiziens à arbuscules, dans le devenir (mobilité, transfert, dissipation) des polluants organiques (ex : HAP, dioxines/furanes, alcanes) et inorganiques (éléments traces), (2) de développer des filières de valorisation non alimentaire de la phytomasse produite sur sols pollués, (3) de suivre l’influence des phytotechnologies sur la refonctionnalisation des sols contaminés, notamment via la caractérisation de leur microbiote et (4) d’évaluer les risques environnementaux et sanitaires après traitement.

De façon complémentaire, la bioremédiation consiste à exploiter, en particulier, la diversité des champignons saprotrophes dans le cadre de la biodégradation des polluants organiques tels que les HAP, les dioxines/furanes et les polluants émergents non seulement dans le sol mais aussi dans d’autres matrices (eaux, sédiments, effluents gazeux, biogaz). Ces travaux visent à étudier les mécanismes impliqués dans la dégradation des polluants organiques (disponibilité, transport et incorporation, dégradation), et l’intérêt d’utiliser les polysaccharides naturels (amidons modifiés) comme agents de solubilisation de ces polluants.

Membres de l’équipe

PERSONNELS PERMANENTS

 

BOURDON-FACON Natacha

TECH

FONTAINE Joël    

MCF-HDR

GRANDMOUGIN-FERJANI Anne

PR

LARUELLE Frédéric

IR

LOUNES-HADJ SAHRAOUI  Anissa

PR

MAGNIN-ROBERT Maryline

MCF

RAFIN Catherine

MCF-HDR

RANDOUX Béatrice

MCF

TISSERANT Benoît

IR

VEIGNIE Etienne

MCF

PERSONNELS NON-PERMANENTS

 

KRZYZANIAK Yuko

Post-Doc

FOURQUEZ Alice

ATER

Collaborations scientifiques

 Régionales :

  • BioGAP, Institut Charles Viollette – ISA de Lille
  • ProBIOGEM, Institut Charles Viollette –Université de Lille
  • Laboratoire  Génie  Civil  et  géoEnvironnement, Université de Lille

Nationales :

  •  Unité de Recherche Vigne et Vin de Champagne, URCA à Reims
  • UMR Agroécologie, INRA de Dijon
  • Arvalis-Institut du Végétal

 Internationales :

  •  Laboratoire d’Amélioration Génétique des Plantes, Université d’Annaba (Algérie)
  • Université des Sciences et de la Technologie Houari Boumédiène (USTHB, Algérie)
  • Université de Djelfa
  • Helmholtz Zentrum München – German Research Centre for Environmental Health, Institute of Soil Ecology, Allemagne
  • Laboratory of Phytopathology, Université de Gand (Belgique)
  • Unité de Chimie Biologique Industrielle, Université de Liège (Gembloux Agro Bio Tech) (Belgique)
  • Laboratoire de Mycologie, Université de Louvain-la-Neuve (Belgique)
  • Agriculture et Agroalimentaire (Canada)
  • Institute for Biological Sciences (Canada)
  • Université de Wisconsin-Madison (USA)
  • Crop & Soil Systems Research Group, Scottish Agricultural College (Grande-Bretagne)
  • Faculté d’Agronomie, Université Saint-Esprit de Kaslik, université Libanaise (Liban)
  • Université Vasile Alecsandri de Bacau, Roumanie
  • Laboratoire de Génétique et Amélioration des Plantes, INAT de Tunis, Centre National de la Recherche en Agriculture Oasienne (Tunisie)
  • Centre National de la Recherche en Agriculture Oasienne (Tunisie)

Thèses en cours

Prénom Nom

Période

Titre

Robin Raveau2017-2020La production d’huiles essentielles : une filière éco-innovante de reconversion des sols historiquement pollués
Nour Raouani2017-2020Nouvelles molécules biosourcées et champignons mycorhiziens arbusculaires pour le biocontrôle des agents phytopathogènes du blé
Arnaud Grignet2017-2020Etude des performances de phytoextraction du Zn et du Cd de l’hyperaccumulateur Arabidopsis halleri en co-culture avec le saule
Amandine Ducousso2018-2021Influence de l’interaction plantes-microbes-champignons mycorhiziens sur la dissolution biologique des phosphates

Contrats de Recherche

Projets Internationaux

  • 2018-2020 : CAPES-COFECUB research progam BIOSTIMALG ULCO/Federal University of Santa Catarina (UFSC Florianόpolis).

Projets Nationaux

  • 2017-2021 : Projet ADEME PHYTEO : La production d’huiles essentielles : une filière éco-innovante de reconversion des sols historiquement pollués.
  • 2017-2020 :  Projet ADEME Extra-Zn  : Production de biomasses enrichies en Zn par phytoextraction pour l’écocatalyse. INERIS/ULCO.

Projets Régionaux

  • 2020 : Projet Phytofonc., SFR Condorcet.
  • 2016-2020 : Projet CPER  « ALIBIOTECH Agro-alimentaire et Biotechnologie ».
    WP 1. Caractérisation de l’interaction de la plante avec son environnement.
    WP 2. Activités biologiques de biomolécules et métabolites secondaires issues de plantes et/ou de micro-organismes.
  • 2019-2020 : Projet A2U : ULCO/UPJV. L’interaction tripartite comme moyen de lutte alternative contre l’oïdium et la septoriose du blé, TRIPLET.

Publications récentes

  • F. STEFANI, K. BENCHERIF , S. SABOURIN, A. LOUNES HADJ-SAHRAOUI, C. BANCHINI, S. SÉGUIN, Y. DALPÉ : Taxonomic assignment of arbuscular mycorrhizal fungi in 18S metagenomic dataset: a case study with the saltcedar (Tamarix aphylla). Mycorrhiza, 2020 https://doi.org/10.1007/s00572-020-00946-y
  • H. HADJ YOUCEF TAIBI, N. SMAIL-SAADOUN, . LABIDI, K. ABDELLAOUI, M. MAKHLOUF, A. LAOUAR, C. TAGMOUNT BENOUARET, L. REZKI-SEKHI, A. BELKEBIR BOUKAIS,, A. LOUNES-HADJ SAHRAOUI : The Influence of No-till Farming on Durum Wheat Mycorrhization in a Semi-Arid Region: A Long-Term Field Experiment. Journal of Agricultural Science Vol. 12, No. 4 77-96, 2020. DOI:10.5539/jas.v12n4p77
  • R. RAVEAU, J. FONTAINE, A. LOUNÈS-HADJ SAHRAOUI : Essential Oils as Potential Alternative Biocontrol Products against Plant Pathogens and Weeds: A Review. Foods2020, 9(3), 365, 2020. https://doi.org/10.3390/foods9030365
  • A. GRIGNET, A. DEVAUFLEURY, A. PAPIN, V. BERT : Urban soil phytomanagement for Zn and Cd in situ removal, greening, and Zn-rich biomass production taking care of snail exposure. Environ. Sci. Pollu. Res., 27(3), 3187-3201 , 2020. doi: 10.1007/s11356-019-06796-2.
  • I. EL-ALAM, R. ZGHEIB, M. IRITI, M. EL BEYROUTHY, P. HATTOUNY, A. VERDIN, J. FONTAINE, R. CHAHINE, A. LOUNÈS-HADJ SAHRAOUI, H. MAKLOUF : Origanum syriacum essential oil chemical polymorphism according to soil type. Foods, 8(3),90, 2019. https://doi.org/10.3390/foods8030090
  • H. MEGLOULI, J. FONTAINE, A. VERDIN, M. MAGNIN-ROBERT, B. TISSERANT, M. HIJRI, A.LOUNÈS-HADJ SAHRAOUI : Aided Phytoremediation to Clean Up Dioxins/Furans-Aged Contaminated Soil: correlation between microbial communities and pollutant dissipation. Microorganisms, 7(11), 523, 2019. https://doi.org/10.3390/microorganisms7110523
  • M.A. ORS, B. RANDOUX, A. SIAH, G. COULEAUD, C. MAUMENÉ, K. SAHMER, Ph. REIGNAULT, P. HALAMA, S. SELIM : A Plant nutrient- and microbial protein-based resistance inducer elicits wheat cultivar-dependent resistance against Zymoseptoria tritici. Phytopathology, 109: 2033-2045, 2019. doi: 10.1094/PHYTO-03-19-0075-R.